Più importante e anche più facile da provare è invece la trasformazione romanica, cominciata forse già subito dopo il Mille e sicuramente intensificatasi a seguito della battaglia di Legnano, che registrò la vittoria dei Comuni lombardi contro Federico Barbarossa nel 1176. Quel successo fu attribuito alla intercessione dei martiri Sisinio, Martirio ed Alessandro, che si festeggiavano nella liturgia ambrosiana il 29 maggio e le cui reliquie si venerano ancor oggi in S.Simpliciano. Dopo di allora la nostra basilica fu detta anche basilica del Carroccio, il caratteristico carro di battaglia rimasto per tanto tempo simbolo dei Milanesi. Della trasformazione romanica avvenuta in diverse fasi le prove incontrovertibili sono la maestosa facciata con il bellissimo portale di ingresso; l'interno dipartito in tre navate di differente ampiezza, con grandi pilastrature sormontate da archi cordoli e vele che sostituirono quelle longobarde; il tiburio ottagonale che sovrasta la sesta campata e che all'esterno presenta bellissime colonnine bianche con capitello sullo sfondo di una compatta muratura cieca; l'attuale abside che ne sostituÏ una più ampia di cui rimangono vistose tracce all'esterno; il poderoso campanile a pianta quadrata che poggia su solide pietre tombali visibili nel transetto, campanile che nel 1552 dovette essere abbassato di circa 25 metri per disposizione di Ferrante Gonzaga perché non si guardasse nel Castello. Zona absidale Questa estesa trasformazione romanica è quella che ha contraddistinto per secoli l'aspetto esterno e interno della basilica, caratterizzandola al punto da farla ritenere per molto tempo monumento di origine medioevale e non paleocristiana, come gli studi e i restauri recenti hanno evidenziato e confermato.