E' d'obbligo invece soffermarsi su quel che avvenne ai primi decenni dell'Ottocento, allorchè si verificÚ un intervento massiccio sulla struttura in occasione della erezione di un altare nuovo. Dopo diversi progetti prevalse quello dell'architetto Giulio Aluisetti che vi eresse l'altare attuale, già dai contemporanei molto criticato per la sua imponenza entro un vano relativamente piccolo. Ma proprio il nuovo altare sta all'origine di un progetto di radicale e articolata trasformazione interna della basilica, che fu ridotta ad una uniformità innaturale. Vele del Cinquecento restaurate nel diciannovesimo secolo Pareti, volte, pilastri furono interamente ricoperti di uno strato di malta dipinta a strisce bianco e azzurro a volerne simulare i marmi delle basiliche toscane. I pilastri furono coronati da uniformi capitelli in gesso che andavano a sostituire quelli preesistenti tutti differenti; qua e là furono rigonfiati con l'appoggio di lesene in mattone e la ridefinizione di nuove arcature; per modificare l'ingresso ai due transetti furono demoliti persino quattro pilastri e ridisegnate nuove cupolette con cordli di cemento invece che a mattone. Il nuovo altare neoclassico fu l'avvio di una trasformazione della chiesa che celÚ totalmente i segni dell'impianto paleocristiano contribuendo a far credere che la basilica fosse di origine romanica.